#C1655. J16 实践-7 相似基因

J16 实践-7 相似基因

J16 实践-7 相似基因

题目描述

大家都知道,基因可以看作一个碱基对序列。它包含了4种核苷酸,简记作 A,C,G,T。生物学家正致力于寻找人类基因的功能,以利用于诊断疾病和发明药物。

在一个人类基因工作组的任务中,生物学家研究的是:两个基因的相似程度。因为这个研究对疾病的治疗有着非同寻常的作用。两个基因的相似度的计算方法如下:

对于两个已知基因,例如 AGTGATGGTTAG,将它们的碱基互相对应。当然,中间可以加入一些空碱基-,例如:

A G T G A T - G
- G T - T A G

这样,两个基因之间的相似度就可以用碱基之间相似度的总和来描述,碱基之间的相似度如下表所示:

image.png

那么相似度就是:(3)+5+5+(2)+(3)+5+(3)+5=9(-3)+5+5+(-2)+(-3)+5+(-3)+5=9。因为两个基因的对应方法不唯一,例如又有:

A G T G A T G
- G T A - G

相似度为:(3)+5+5+(2)+5+(1)+5=14(-3)+5+5+(-2)+5+(-1)+5=14。规定两个基因的相似度为所有对应方法中,相似度最大的那个。

输入格式

共两行。每行首先是一个整数,表示基因的长度;隔一个空格后是一个基因序列,序列中只含 A,C,G,T 四个字母。

输出格式

仅一行,即输入基因的相似度。

样例输入

7 AGTGATG
5 GTTAG

样例输出

14

样例分析

如上所述。

数据范围

对于 100%100\% 的数据, 11 \le 序列的长度 2000\le 2000